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Yashiro Isana ha vissuto una vita relativamente ordinaria e semplice. Vive nella tecnologicamente avanzata Shizume City e frequenta la Ashinaka High School, una notevole scuola superiore che si trova su un'isola appena fuori dalle zone. Yashiro è amichevole con tutti, niente sembra sbagliato in lui, tranne forse la sua abitudine di dimenticare dov'è il suo palmare in dotazione alla scuola. Tuttavia, nulla di normale sta accadendo dal recente omicidio di Tatara Totsuka, membro di spicco della famigerata HOMRA. Nessuno sa esattamente chi l'abbia ucciso, ma il responsabile ha un aspetto inquietante e identico a Yashiro. In cerca di vendetta, i membri del Clan Rosso della HOMRA hanno deciso di prendere Yashiro e ucciderlo. Tutti sospettano che Yashiro sia l'assassino.